《最后的99天》取材于真实的历史事件,讲述了解放前夕,在距新政协预定的会期还有99天之际,上海地下党为了争取并掩护民主人士北上参加第一届新政协会议,一对同父异母的兄弟即共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间,展开殊死搏斗的故事。。1924年10月,直奉第二次大战爆发。就在直系军阀吴佩孚与奉系军阀张作霖在山海关激战时,吴佩孚所属第三军司令冯玉祥却突然挥师入京,并于22日深夜,发动政变,包围总统府,囚禁了大总统曹锟。曹锟身陷囹圄,吴佩孚紧急从山海关前线驰援,但是精锐主力却被围困天津,孤立无援。群龙无首,山海关前线十万大军快速崩溃,最终吴佩孚不得不乘船南遁,直系政权由此覆灭。战争尽管结束,但北京政局却面临着重重危机。直奉大战后,奉军开始大举入关,早已准备问鼎中原的张作霖与冯玉祥在直隶地区展开争夺,角逐北京政权。。