20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。。太阳党是一个恐怖组织,其首领救世主(林国斌 饰)善于开发战争机器人,他和女友玛利亚(叶倩文 饰)经常利用自己开发的机器人“先锋一号”大肆破坏。由于“先锋一号”威力强大,警方也常常束手无策。小徐原是英雄党的一分子,后来对自己团伙的所作所为深感不满而在师傅的担保下脱离了该组织。一次小徐在酒吧偶遇了专为警方开发战争机器人的专家阿毛(岑建勋 饰),两人一见如故,成为了好朋友。岂料太阳党因此怀疑小徐出卖了自己,因此派出新研制的机器人——外形和玛利亚一模一样的“先锋二号”追杀小徐;更糟糕的是,警方亦因此怀疑阿毛出卖了政府,因而同时派人前来捉捕他们。一对好兄弟,能否逃出生天?。