20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。。寒天为了找到20年前父亲失踪的真相,来到了凤凰山,寒天无意间进到了一个女儿国,在女儿国里寒天经历了一番奇遇,经历了层层磨难,女儿国的族人们终于接受了寒天,寒天也发现了20年前父亲失踪的真相,原来这个女儿国隐藏着一个大的金矿,20年前寒天的父亲发现了金矿并无心给女儿国带来了一场灾难,族长发现了寒天的身份要杀了寒天,寒天被郡主熙偌救下,此时偷偷跟踪寒天而来的江老爷闯进了族里,寒天最后为了保护女儿国族人和江老爷决一死战……。