2007年,Dr.James在半岛军火商的支持下研究生化人。研究过程中,生化人安德烈发生基因突变大开杀戒,将半岛军火商杀害,并控制其组织,接管生化人的研究。Dr.James侥幸逃生,只好寻求警方的保护。特工林东不得已离开生命垂危的小女儿西西,接受证人保护任务。
十三年后,一本科幻小说《机器之血》的出版引出了黑衣生化人组织,神秘骇客李森(被杀害的半岛军火商的儿子),以及隐姓埋名的林东,三股力量都开始接近一个“普通”女孩Nancy的生活,想要得到她身上的秘密。而黑衣人幕后受伤隐藏多年的安德烈也再次出手,在多次缠斗之后终于抓走Nancy。林东和李森,不得不以身犯险一同前去解救,关键时刻却发现李森竟然是被杀害的半岛军火商的儿子,生化人的实验记录也落入了李森之手。。官房长官袭击事件两个月后,日本国会召开麻田总理(山本圭 饰)不信任案讨论会议。SP队员全员出动,负责政要的护卫工作。晴朗明媚的日子里,雄翔会的革命悄然展开。当伊达国雄(香川照之 饰)坐在会场内观赏眼前的政治闹剧时,尾形总一郎(堤真一 饰)率领其他部门的SP成员有条不紊地控制并隔离了国会,之后闯进会场,透过摄像机现场直播他们史无前例的革命。会场中,尾形谴责政客腐败的行径,其矛头渐渐指向仇人麻田总理,而伊达也离自己的野望更近了一步。
另一方面,井上薰(岡田准一 饰)和四系的同伴事先已被尾形支到另一地方。当得知SP的叛乱时,他们决定以一己之力维护SP的荣誉……。