一个神秘的废弃工厂开始第一天的拍摄。当载着女主角朱莎、副导演、《电影最前沿》节目主持人一梦等人的大巴车到达工厂时,拍摄场地却空无一人,陆主任让大家在工厂内待命,自己则出去给大家买宵夜,等待期间,副导演却离奇死在了浴室里...为了查清事实,一梦提议大家再去浴室看一看,而录音师多宝、女主角朱莎、司机女儿甜甜则留在服化间,从浴室回来之后,只见多宝,甜甜和朱莎却失踪了。 陆导迟迟未归、副导演的死,甜甜、朱莎的神秘失踪,带出了三年前在工厂拍摄时的灵异事件。一连串离奇的事情依然继续.....。应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队,在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次,KERORO军曹的面前出现了最新!最恶!最强的敌人!!
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……。该剧是一部以春画为素材的19禁浪漫史剧,讲述必须寻找把公主的脸画成春画主人公的人,对女权非常关心的公主说自己要亲自寻找丈夫,而不是父亲指定的驸马的故事。