西曆2045年。以新超時空要塞7號艦為中心的第37次超長距離移民團--超時空要塞7--一邊和神秘的巴洛達軍多次交戰,一邊向銀河的中心航行! 而在西曆2046年。在戰爭的一角,本篇故事開始了…… 由於巡邏中的一次意外而辭去軍職的女軍官瑪哈拉,退役當天因為意外事故死亡的部下之父對她懷恨在心,因而招來殺身之禍。 在千鈞一髮之際救了她的人是個腳穿空中冰刀的少年御堂柴--一個綽號"黑色轟炸機",粗野的T-CRUSH選手。相傳柴是以往曾經亟欲獲得天才飛行員名號,現在身為超時空要塞7艦長的麥克斯的私生子…… 對柴充滿興趣的瑪哈拉帶領新加入的成員,擔任柴所屬隊伍的教練。擔任經理、一心想成為歌手的艾妮卡對柴與瑪哈拉的關係感到困惑不已。瑪哈拉完全無視艾妮卡的感受,讓柴與莫巴德展開了一場競賽。雖然柴以自己拿手的技巧而揮灑自如,但卻在最後一圈被接受瑪哈拉指示的莫巴德打敗。之...。目暮警官、毛利兰的母亲妃英理以及阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。江户川柯南开始追踪伤害了阿笠博士的犯人,他根据几起案件现场留下的线索,发现犯人是按照扑克牌的顺序来行凶的,而且遇害者都是与名侦探毛利小五郎有关的人。目暮警官提供的线索初步揭开了事情的真相,原来毛利小五郎当年任职警察的时候,曾经逮捕了犯下杀人罪的赌徒村上丈,当年也因为这一事件导致毛利小五郎离职以及婚姻变故。十年后,服刑期满的村上丈出狱了,他开始按照扑克牌的顺序向毛利小五郎身边的人展开报复。
在得知了事情的原委后,毛利小五郎努力寻找身边有什么人与数字有关。在这一过程中,各种惊险的场面接连出现。然而江户川柯南也开始对案件的真相产生了疑惑……。