突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。叙述一位英国绅士Anthony Ross 爵士为了寻找失踪多年的儿子,于是他筹组了一支探险队展开行动,他的儿子当初是去寻找北极一带火山谷一个传说中的古老维京人部落,结果从此音讯全无,心急如焚的父亲因此才想尽办法组织探险队进行搜寻任务,这支队伍包括一位美国籍的考古学家、一位法籍发明家、一位追踪者以及英国企业家等等,当他们逼近目的地的时候,却意外闯入一个被时间遗忘的失落世界!这世界里有仍过着十世纪生活的维京人、火山爆发、鲸鱼墓场…等等,在这一连串的冒险当中,面对希望秘密永远被埋藏的那一群维京人,探险队面临到很难全身而退的危险局面!。