本片改编自同名小说,起点是露伴在取材旅行时造访的威尼斯教堂内的忏悔室。对先人的睿智感兴趣的他实际进入了忏悔室,但那里本来是神父应该在的地方。这时,一个男人为了“告白”而出现。露伴就这样假扮成神父,倾听着男人开始讲述的25年前的恐怖事件。。季节更替,第二个春天即将到来。 一个是劣等生的哥哥,一个是优等生的妹妹。两人在魔法科高校的生活即将结束第一学年。 达也和深雪利用春假,来到小笠原诸岛的一处别墅度假。 在短暂的休息中,达也一行人尽情放松。 然而,一个名叫九亜的少女突然出现在他们面前。这位从海军基地逃出来的少女向达也提出了一个请求……。