《消失的日子》讲述的是臭名昭著的亡命之徒泰隆·弗林的故事。弗林老了,病了,无法调和他已经成为的那个人,弗林一心一想要在辉煌的荣耀里离开这一生。他的计划因发现他的女儿被迫生活的肮脏生活而失败。为了救她,他必须召唤他很久以前清除的内心恶魔,发现救赎是一条艰难的旅程。。滨海市某中学初中一年级 (2)班的同学们要去参加海军军校的军训,唯独胡越儿不想去,奶奶要为她开假病假条,被爷爷批评。行军途中,耿小伟约方泉溜进饭店胡吃海喝,耿因食物不洁腹泻掉队,幸有牛教官背着他走。 在浪术训练中,林贝南、方泉受到表扬,胡越儿却怕得趴在浪木上哭,张教官仍严格要求她完成课目。方泉接到家信,得知父亲弃家而去,当晚他越墙归家安慰妈妈并将父亲情妇的摩托车弄坏,被当场抓住。方也因严重违纪,被撤去中队长职务。 一波未平,一波又起。张教官与陈老师为耿小伟未经正规手续请假离校也发生争执,这下急坏了同学们。他们自编自演一场木偶戏,使张、陈握手和好。 林贝南得知父亲贪污受贿被捕的消息,将自己反锁进船舱痛哭。张教官耐心劝说,帮她战胜了人生的第一次风浪。 旭日东升,战舰又驶向大海,孩子们经过严格的军训,经受了种种生活风浪的考验,已成长为真正的小海军。。1937年深秋,为躲避战乱,中国医生成贤(秦汉 饰)携带怀有身孕的日本妻子理惠子(早乙女爱 饰)和孩子从上海逃到南京老家,他没想到南京也差不多快被侵华日军夷为废墟。被告知可以进入欧美列强势力保护的安全区避难时,成贤认为自己与难民身份不同没做理会,投靠了老朋友继续行医。以小学教师刘天琴(刘若英 饰)为代表的同胞的悲剧令他震惊愤怒,但他认为自己首要任务不是反抗暴敌而是尽职做好一名医生。
同年冬天12月13日,南京全面沦陷,日军开始在南京疯狂烧杀淫掠,成贤终于意识到日军的残酷麻木,让妻子先行一步去安全区躲避,自己则留下来继续救死扶伤,他不知道的是,安全区早已名存实亡,而要反抗时,他发现已无可能。。