1942年,日本侵略者对重庆的大轰炸已经进入了第四个年头。侵华日军总司令冈村宁次意外地得到一个情报:在重庆西南的古刹华岩寺中藏有一件镇寺之宝——《贝叶金经》,在这部经书中还隐藏了一个惊天秘密。如果得到了这个秘密就可以让日军轻而易举的消灭整个国民党政府,以实现其占领全中国的狼子野心。为了得到《贝叶金经》,冈村宁次精心策划了一次代号“阿波罗”的作战行动,他特别派遣了由日本浪人组成的日军王牌特工队“樱花小组”秘密潜入重庆,偷偷地把黑手伸向了西南第一古刹——华岩寺。通过各种渠道得知日军特工潜入重庆的消息后,为了粉碎日寇的阴谋,中共地下党组织、国民党中的爱国人士与华岩寺众僧侣与“樱花小组”展开了殊死搏斗,最后他们用鲜血和生命终于将《贝叶金经》完好无损地保护了下来。。故事发生在遥远的未来世界中,在彼时的社会里,一群被称为“Equals”的种族成为了其中的主要生产力。相较于普通人类,Equals更加的完美,他们有美丽的外貌,高尚的道德感,稳定的情绪,聪慧的头脑,但与此同时,过于的完美让Equals失去了人类的感情。被称为SOS的疾病是这个社会里存在的最大不稳定因素,患上了SOS的人会变得敏感悲伤,抑郁冲动,居民们一旦被发现患上SOS症,就会被政府流放,永远无法再回归社会。
西拉斯就是一名SOS症患者,某日,他邂逅了名为尼娅的女孩,尼娅虽然看似冷漠无情,但实际上,她也患有SOS症,一切只不过是她的伪装而已。。