到这季开始时,X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激,但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格,但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中,“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症,住院治疗,病情虽稳定住,但仍有危险。本季也介绍癌人的年轻时代,向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望,因而举枪自杀。。作品设定是如果按下按钮,就可以得到100万日元,但是作为代价,必须在空空荡荡的空间里度过5亿年,5亿年结束后会失去这段时间的记忆。故事就是围绕着这个5亿年按钮展开的。动画讲述了因付不起住院的父亲的治疗费而走投无路的5岁的托尼奥、14岁的子美、17岁的小奈子三姐弟面前,出现了一个拿着5亿年按钮的人物,故事由此展开。。在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下,世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界,“未来机关”结成了。打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生,加入了未来机关。他们在此继续复兴世界的活动,但苗木却被问以庇护“绝望的残党”这一叛逆之罪。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起,却遭到黑白熊的监禁,并被要求进行“最后的自相残杀”。手臂被戴上了奇妙的手环,过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此,这其中还存在着“背叛者”,是为了杀掉未来机关而来的。“为了生存下去,非得找出背叛者并杀掉不可”。不存在“学级裁判”这一规则的自相残杀。杀或者被杀,在这极限状态的死亡游戏中,苗木等人被逼入绝境。希望杀死希望的绝望物语开始了。。