《仁医2》完结篇延续前篇剧情,历史依旧向着既定方向有条不紊的前行,更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁(大泽隆夫 饰)以大夫的身份在江户时代生存了下来,所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲(绫濑遥 饰)的母亲患了当时普遍的脚气病,由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时,坂本龙马(内野圣阳 饰)出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山,竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍,原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后,坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩,促成萨长同盟。
亲历着幕末日本局势的陡然巨变,仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来,他将重新邂逅寻找新生活的野风(中谷美纪 饰),前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。。20世纪60年代,美国的势力向亚洲渗透,为此政府实行的一项绝密计划——战士再造计划,通过药物注射等手段将士兵大造成冷血无情、实力强悍的超级战士。随着技术不断改进,在罗伯特·柯林博士的主持下又开启了白塔计划,成功打造出更为完美的第二代超级战士。然而一次意外后12名二代战士逃亡,而涉嫌叛国的柯林博士也被驱逐东欧。此后不久,再造战士占领切尔诺贝利,美国军方决定派出4名尚存的一代战士前去击垮那群危险怪物,但是他们全部遭到无情屠戮。
走投无路之际,军方只能派出第五名一代战士卢克·戴沃洛克斯出马,对抗强大的对手安德鲁·斯科特……。