郊外一座废弃的工厂内,一支摄制组正在拍摄一部粗糙简陋的僵尸片。导演日暮隆之不满女主角松本逢花的演技,因此暴跳如雷,大吼大叫。在工作人员晴美的建议下,剧组暂时停止拍摄。休息间隙,晴美向松本以及饰演僵尸的男演员神谷和明讲述了这座工厂在二战期间的恐怖旧事。就在此时,不祥的巨响突然传来,未过多久,一名工作人员变成僵尸突然出现,对其他剧组成员展开疯狂啃咬。演职员们四散而逃,而疯狂的导演却举起摄像机,开始了他梦寐以求的电影的拍摄。
30多分钟的血腥屠杀,令所有人始料未及的是,这还并不是这部恐怖电影的全部!。故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。