怪兽在一个工业园里大量出现了?弦人队长率领特怪对分队迎击怪兽,但它们还是接二连三地冒出来。考虑到发生怪兽灾害的工业园或许和专门处理怪兽残骸的先进化学企业内克洛马斯之间存在某种特殊的关系,特怪对分队立马找到了世界上屈指可数的化学研究者,同时也是内克洛马斯CEO的真伏博士。内克洛马斯的研究所现在正在研究的东西叫做“达姆多可辛”。这种东西触及到了生命的根源,可以实现生物的长生不死,研发马上就要完成了。就在这时,自称宇宙霸主的达姆诺星人突然出现在众人面前。达姆多可辛的储藏柜遭到破坏,达姆多可辛把研究所里的怪兽样本全部吸收之后变成了恐怖的怪兽“妖骸魔兽 贡基尔刚”。现在,以日本的首都为舞台,布莱泽奥特曼和特怪对分队与怪兽之间的壮烈决战正式拉开帷幕!。在风景秀丽,气候宜人的王冠市,即将举行神奇宝贝足篮世界杯比赛,届时,大批的观众和训练师会涌入此处,整个城市将会陷入一片欢乐的海洋之中。小智(松本梨香 配音)一行人正在前往王冠市的路上,旅途中,他们遇见了名为索罗亚的神秘神奇宝贝,它不仅能够幻化成人类的姿态,还能够通过心电感应和人类交流。
小智和索罗亚结伴前行,哪知道王冠市竟然发生了神奇宝贝暴动事件,雷公、炎帝和水君本是城市的守护神,却不知为何向市民们发起了进攻,城市之中一片混乱景象。这一切的始作俑者是名为克林克斯(阵内孝则 配音)的企业家,而他亦是索罗亚想要寻找的同伴。。医女白素馨和蛇仙柳龙庭即将大婚之际,柳龙庭却意外发现新娘不是白素馨,而是他五百年前的恋人夏紫苏。原来夏紫苏患病险些身亡,后被高人所救,多年来一直潜心修行。得知柳龙庭大婚,不甘心的夏紫苏便大闹婚宴,甚至不惜用龙庭姐姐的性命要挟。素馨坚定地与龙庭携手并肩对抗紫苏,最终解开重重误会,渡过难关,有情人终成眷属。。