在名为“玩具屋”的非法地下组织中,每年都有大量的“生物体”被制造出来,这些生物体表面上和人类无异,却是没有思想和灵魂的“玩具娃娃”,他们被租赁给世界各地的黑道富豪,用以完成各种各样或是复杂或是危险的秘密任务。任务完成后的生物体会被送回玩具屋,消抹掉所有的记忆,重新变为“傀儡”状态。
性感美丽的艾科(艾丽莎·杜什库 Eliza Dushku 饰)就是这些“玩具娃娃”中的一员,与其他伙伴不同的是,偶然间,艾科竟然产生了自我,面对自己的处境和状态,艾科的心中充满了疑惑,这让玩具屋的高层感到十分不妙。与此同时,名为保罗(塔莫·潘尼凯 Tahmoh Penikett 饰)的联邦探员也盯上了艾科。。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。