故事发生在2029年,此时X战警早已解散。作为少数幸存的变种人之一,金刚狼罗根与卡利班共同照料着年迈的X教授(查尔斯·泽维尔)。由于衰老,X教授失去了对自己超能力的控制,如果不用药物抑制,他的力量会失控,造成全球性的灾难。同时,随着时间推移,金刚狼的自愈能力也在减弱,体能和力量远不如从前。
一天,一位陌生女子找到了金刚狼,请求他护送一名叫劳拉的女孩前往加拿大边境的“伊甸园”。罗根后来发现,劳拉是通过植入自己的基因培养出来的人造变种人。而在所谓的“伊甸园”,有一群与劳拉有着相似遭遇的孩子。邪恶的唐纳德紧追不舍,他的目标就是彻底消灭这些人造变种人。。高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活,但是,他却能看到妖怪,并因此而苦恼。很多次,他都差点被妖怪夺去性命。一次偶然的机会,夏目巧遇猫神。猫神告诉他,夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字,玲子死后,妖怪为夺回名字,才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们,夏目才能恢复宁静的生活。为了回到宁静的生活,夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅,一段段关于妖怪的感人故事,就这样被引出。。