前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段,野野村组长去世后,吉川(北村一辉 饰)、当麻纱绫(户田惠梨香 饰)和濑文焚流(加濑亮 饰)等人聚在未详总部,苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时,警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC,她狂乱暴走,继而现身御前会议。在犹大、世界(向井理 饰)、润(大岛优子 饰)的见证下,法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起,成千上万的八尺乌遮天蔽日,被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。
在命运的交叉点,当麻和焚流能否阻止世界的灭亡?。日本信州深山的一个小村子里,由于贫困沿袭下来的传统是,活到70岁的老人要被长子背到楢山上丢弃(曰“参拜楢山神”)。 69岁的阿玲婆(坂本澄子 饰)离上楢山的日子已不远,她常为自己异常结实的身体而苦恼。
丈夫在前一年因害怕被丢到楢山上逃跑一事,阿玲婆并没放在心上,她所操心的是 长子辰平(绪形拳 饰)的继弦和村里人都讨厌的次子利助的性饥渴,所担心的是辰平像他父亲一样懦弱,不敢将她背上楢山惹下笑柄。而看着辰平、长孙袈裟吉都娶到了称心如意的妻子,辰平的新妻子学会了如何捉鱼,利助也在她的努力下饱尝了性爱滋味,阿玲婆心里便只剩下了上楢山。。道士燕赤霞和书生宁采臣,为了除掉树妖姥姥救出受制于姥姥的聂小倩,与众侠士在兰若寺中与姥姥大战,不慎引发乾坤金印的时空穿梭神力,被金印传送到了现代。来到现代的燕赤霞、宁采臣和聂小倩从妖魔手上救下女主角媛媛,三人在媛媛家暂时安顿,却给媛媛带来了诸多麻烦。另一边,一同来到现代的姥姥和蛇妖处心积虑的想要利用乾坤金印的神力,妄图将兰若寺搬到现代,把人间变成妖魔的乐园。燕赤霞和媛媛完全不知道已经进入了姥姥的巨大阴谋之中。最终,媛媛牺牲了自己阻止了姥姥的邪恶计划。而燕赤霞抱着死去的媛媛消失在了夜空之中。多年以后,在现代社会生活已久的燕赤霞,遇到了一个觉得他似曾相识的女孩,而那个女孩的相貌和媛媛一模一样。。