本片反映了明末清初,义军遗孤香女,月泉分别被人所救,十八年后,两人练得盖世武功“迷魂功“、”紫云剑法“。为父报仇,两人邂逅。与官军一路厮杀,血雨腥风,报仇之际,突然恩人变仇人,笑脸变窝心,一时间,恩恩怨怨……。这是和原来不同的假面骑士历史。1973年2月10日,和邪恶组织修卡抗争的假面骑士1号和假面骑士2号面前,出现了修卡制造的最强的战士假面骑士3号。1号和2号被3号轻松打倒,修卡成功征服世界。
然后时间来到现代,由于与修卡有关联的人类已经被消灭殆尽,后世的假面骑士们的存在也分裂为正义和邪恶的阵营。正义的一方为守护剩余不多的人类而战;邪恶的则作为修卡的手下并为了消灭阻碍者而行动着。一天,修卡手下的假面骑士Drive/泊进之介遇上了假面骑士3号变身者黑井响一郎,不知怎的事情就演变成了和他一起和修卡对战。另一方面,正义的假面骑士们为打倒修卡而所必要的行动开始了。。