在东京某个位于西国立市的神社内,有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现,他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时,在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现,被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地,专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名,首脑化名“义经”,部下则以“弁庆”为首,各自以家将姓名相称。另一方面,小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前,位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃,寺院的住持为了解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像,因而请来了小五郎帮忙,小五郎一行人展开了调查。。夏彤是一家珠宝店的导购,虽然她相貌不是很出众,但是心地善良,乐于助人,这一天,她在店里值班,恰好碰上店陆氏总裁陆廷叶购买珠宝,陆廷叶正好想找一位导购,于是恰好找上了她,看到这个女孩的名片,和小时候的青梅竹马夏彤一个名字,于是心生好感。