现在的时间是2001年,为了寻找黑石的根源,人类开展一项木星登陆计划。飞船上有冬眠的三名宇航员,大卫船长、富兰克飞行员,还有一部叫“HAL9000”的高智能电脑。HAL在宇宙飞行过程中发生错乱,令到富兰克和三名冬眠人员相继丧命,剩下波曼和这台电脑作战。
从死亡线上回来的大卫一气之下关掉主脑系统,HAL彻底失效。现在,茫茫宇宙中只剩大卫一人,向木星进发。穿越瑰异壮观的星门,大卫仿佛去到一个奇特的时空,那里有人类无尽的生死轮回和宇宙的终极知识……。新闻记者丹·杰拉尔多,为拍摄独家新闻采访帕雅部落头领只身前往巴伦比热带丛林。巴比杜作为丹的向导,与丹一起开始了丛林中的冒险之旅。在这场跌宕起伏、惊险滑稽的探险途中,原本平凡而怯懦的两人终于唤醒自身的力量打败了邪恶的植物学家,并各自向家人证明了自己的存在及价值。。