故事发生在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权斗争的历史背后、忍者集团甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争,并在最终迎来了双方全灭的结局──这场斗争结束十年之后,宽永三年,甲贺五宝连所管束、拥有茅眼术操纵能力的少年「甲贺五郎」,与伊贺五花撰中能使用盾眼术的少女「伊贺响」终于相遇,他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标,被卷入了一场意想不到的战争之中。。年轻气盛的霍元甲一心只有“以武服人”,并因此与父亲产生嫌隙离家出走。初到津门的他遇到暗地护送维新人士的农劲荪,仗义出手解了农的危机,二人由此结为好友。农劲荪劝他把一身好武艺用来开设武馆强民强国,想在津门立足的霍元甲欣然同意,但当时津门规矩,想设馆授徒必先击败七家现存武馆以证实力。七武楼里,霍元甲签下生死状,孤身挑战七大名门武馆,虽然最后霍元甲赢下了这场比武,却被接收密令截杀维新人士的朝廷反动势力诬陷成了杀死大刀王五爱徒的凶手。此时农劲荪也被反动势力囚禁,被爱国人士们打动的霍元甲终于明白,时代洪流裹挟的是每一个人,在国家大义面前人人有责。他决定代替农劲荪护送维新人士入京,并只身前往诛杀反动势力的袁效忠……。