第一集中,变异人在X教授的指挥下,将邪恶的万磁王打入冷宫,但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后,所有的矛头又一次指向变异人。这一次,X教授也感到压力大增,以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军,率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下,不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。。罗杰、莉莎、司徒若琳三人,被邪恶博士抓到实验室,准备利用他们来完成自己基因战士培养的邪恶计划。过程中三人身体里面的超能力被激活,逃出了实验室。博士一心想着自己的邪恶计划,对三人穷追不舍,三人在司徒若琳哥哥的帮助下,暂时躲避了起来,司徒南帮助三人提升了解自己的超能力。之后,博士的人找到了他们,三人与博士开始了一场战斗。三人能否逃出博士的魔爪?。