故事发生在寻找圣杯的最后几天,当亚瑟王的武士们策马穿过一片充满黑暗、险象环生的丛林,一无所获回到卡默洛特(亚瑟王的宫殿)后,他们的队伍被解散,士气顿失。在他们中间,一位名为兰斯洛特的武士,对此次失败感到深深自责。他认为正是他和格温娜维尔皇后的偷情摧毁了这次神圣的使命。失败的阴影笼罩着一切,辉煌华丽的宫廷呈现出一个即将结束的年代的衰败气象。。平行世界的目的已然浮出水面,那场20年前的换子行动换来了部长对这个世界的强烈仇恨,而被偷梁换柱的Olivia还在我们的世界潜伏卧底,同时,我们世界的Olivia正在自由女神像内接受洗脑,几经周折,方可逃出囚笼,却绝望的发现剧院已经被平行世界的琥珀机制所封住了裂缝。随着时间的流逝,Olivia也渐渐融入了平行世界遗忘掉了记忆,关于变形人的不可解释的潜科学案件也不断增多,Olivia能否在平行世界恢复记忆并且回到我们的世界呢,平行世界的WaIter部长的阴谋也在慢慢显现中…。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。