2002年,多所大学激烈抗议劳动法的出台。期间,一位法官遭到谋杀,重新揭开了意大利和法国的政治伤疤。马尔科曾是一位极左派运动分子,因谋杀而被判刑,他得以前往法国避难。但是,意大利政府怀疑马尔科是此次谋杀的策划者,要求法国对他实施引渡。为了躲避抓捕,他和16岁的女儿维奥拉走上逃亡之路,在意大利的家人也不得不为他过去犯下的错误付出代价。。一日,致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光,在东京城中放出。 这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上,于是,3个飞天小女警诞生了!! 与此同时,那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢?……。