本作品是超蛙战士系列3D电影的第2部,讲述的是一个发生在外太空的故事。
由于人类太空探索而产生的两个派生人种,梯族人和蛙族人为了争夺领地和资源展开了旷日持久的战争,梯族黑死星等地资源各方面都出现匮乏,生存的欲望驱使他们对外扩张,在吞并了部分弱小星球后,梯族人开始将爪牙伸向实力相对强大的蛙族领地。
在巫帝、利普顿等将领的主持下,梯族军队兵分两路,大举进攻湿地星球,首当其冲的便是赤峰坎。梯族人试图通过拿下蛙族核心领地,一举完成对蛙族人的侵略和掌控。梯族人的暴行引起了蛙族世界震惊。。外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。 暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。 古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そ...。