蘭嶼紅蟲為患,被咬者皮膚痕癢、發高熱,甚至性命不保!島上人迷信,不信醫學,只信大頭目及巫醫巴達(黃宗迅)兩人。年青醫生何維德(張沖)學成到蘭嶼,一面行醫,一面找尋早前到蘭嶼研究紅蟲而失蹤的父親,因而與未婚妻白丹娜(何莉莉)鬧翻。何於蘭嶼認識紀神父(紀守常)及孤女雅蘭(鄭佩佩)。雅蘭愛上何,惹來大頭目之子西呼達(王俠)嫉妒,同時何為島民治病,令巫醫巴達信眾日減,西呼達、巴達均伺機殺何。何與雅蘭到紅頭峰森林尋父,身陷險境而不自知……。纳萨尔派是印度共产主义运动中的极左派系,信奉毛主义,主张通过农民武装斗争夺取政权。盘踞在南迪格地区的纳萨尔组织,困扰政府多年。安迪警官封命清剿,不料屡屡受挫,遂将好友卡比尔送入敌营,充当卧底。卡比尔不负期望,提供情报,为警方立下汗马功劳。然而,当他亲身体会到农村的贫穷落后,当他亲眼目睹政府强占穷人的土地,当他与毛派分子同甘共苦并肩作战,卡比尔开始理解这帮激进分子的诉求,不得不重新审视自己的使命。城市的繁忙给青少年带来丰富物质的同时也让新一代青少年与原汁原味的乡村生活渐行渐远,《台风少年行》让台风少年团的5名青春阳光的少年放下手机等电子产品,从城市来到乡村,互帮互助,学会劳作,享受自然,度过16天自给自足的生活,完成一场青春的历练和成长。。