爱丽丝重回在东京,向安布雷拉公司复仇。后者潜藏在地球的底部,威斯克执行着自以为是的安全技术标准。爱丽丝闯入了禁区,直捣黄龙。而威斯克竟然不惜毁灭城市做困兽斗。最终,当他驾驶着直升机逃离时,却被爱丽丝胁迫,情急之下,他向爱丽丝身上注入了具有对T细胞的免疫病毒,令她丧失了超能力,只能驾机飞翔荒无人烟的阿拉斯加。地球上已经177天没有生命迹象。然而,爱丽丝却意外发现了克莱尔。她们循着阿卡迪亚信号,回到了地狱之城,满眼的僵尸令人触目惊心。迎接她们的是同样听到信号的幸存者。在神秘犯人克里斯的帮助下,她们向阿卡迪亚之船进发……。某个黑夜,一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件,这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”,甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际,安室透率领的日本公安赶到,间谍夺车逃跑,高速公路大桥上上演激烈追逐战,其他的车辆也被卷入其中,眼看要酿成惨重事故的瞬间,间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中,从大桥坠入海中。
第二天,柯南等人来到东都水族馆游玩,他们在巨大摩天轮底下,发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子,仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样,也就是俗称的“阴阳眼”。可是,这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态,带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆,柯南等人约好了和她同行。没想到,这一切都被贝尔摩德暗中监视着……。